Voor de vertegenwoordiging van België is een bijzonder systeem uitgewerkt in het Samenwerkingsakkoord. De 22 Raadsformaties die in 1994 (ten tijde van de opmaak van het akkoord) bestonden, zijn onderverdeeld in zes categorieën. Voor elk van die categorieën is een specifieke regeling vastgesteld.
- In de categorieën I en II is er een overwicht aan federale bevoegdheden. Categorie I heeft een exclusieve federale vertegenwoordiging en categorie II heeft een federale vertegenwoordiging met een assessor van de deelstaten.
- In de categorieën III en IV is er een overwicht aan deelstaatbevoegdheden. Categorie III heeft een deelstaatvertegenwoordiging met federale assessor en categorie IV een exclusieve deelstaatvertegenwoordiging.
- In de categorie V wordt België steeds vertegenwoordigd door Vlaanderen en in categorie VI wordt de federale minister steeds bijgestaan door de bevoegde ministers van het Waalse of Vlaamse Gewest. Voor deze laatste categorie is een aparte toerbeurtregeling van toepassing.
Categorie I: Exclusieve federale vertegenwoordiging
- Algemene Zaken;
- Buitenlandse Zaken;
- Economische en Financiële Zaken (Ecofin);
- Justitie en Binnenlandse Zaken (JBZ);
- Begroting;
- Telecom;
- Civiele Bescherming;
- Consumentenbescherming
Categorie II: Federale vertegenwoordiging met assessor van de deelstaten
- Transport;
- Energie;
- Interne Markt;
- Werkgelegenheid en Sociale Zaken;
- Volksgezondheid
Categorie III: Vertegenwoordiging door de deelstaten met federale assessor
- Industrie;
- Onderzoek;
- Leefmilieu.
Categorie IV: Exclusieve vertegenwoordiging door deelstaten
- Cultuur en Audiovisuele aangelegenheden;
- Onderwijs;
- Jeugd;
- Sport;
- Toerisme;
- Ruimtelijke Ordening;
- Huisvesting;
- Regionaal beleid
Categorie V: Exclusieve vertegenwoordiging van één enkel gewest of één enkele gemeenschap
- Visserij: steeds door de Vlaamse bevoegde minister.
Categorie VI: Federale vertegenwoordiging, bijgestaan door deelstaten, waarbij het rotatiesysteem niet van toepassing is
- Landbouw
Een federale of deelstaatminister die in een bepaalde Raadsformatie zetelt, vertegenwoordigt daar steeds België en vertolkt dus het overeengekomen Belgische standpunt. De assessor mag de zetelende minister bijstaan voor de materies binnen de bevoegdheid van zijn regeringsniveau. De assessor mag ook het woord voeren in overleg met de zetelende minister.
Sinds 1994 werd het akkoord beperkt aangepast. De hervormingen van de Belgische staat die het zwaartepunt verder verleggen richting de deelstaten en de wijzigingen aan het Europese bestel door het Verdrag van Lissabon vragen echter om de nodige aanpassingen van dit akkoord.